Für SQL ist der Typ CHAR und VARCHAR nicht so unterschiedlich. Ich sehe da eher immer noch ein CCSID-Problem.
Bist du sicher, dass die Zeichendaten tatsächlich nicht zurückkommen?
Prüfe mal die Länge des Inhaltes sowie den Hex-Wert.
Als Verbindung wird von Perl, glaube ich, ODBC verwendet.
Somit kannst du z.B. via Excel o.ä. auch per ODBC vom PC Daten abrufen.
Wenn hier die Daten korrekt gelesen werden können, ist das irgendwo ein Problem in PHP.
Ggf. passt die Perl-Version nicht mehr zum V4R5.

Vielleicht ist DBI besser als CGI ?
http://www.tutorialspoint.com/perl/perl_database.htm