Eine Binärübertragung darf den Inhalt nicht verfälschen.
Prüfe die Dateien doch mal mit z.B. FileZilla.
Hole diese ab und schau den Inhalt per Hex-Editor an.
Oder wenn du sie dann auf dem PC hast und keinen Hexeditor, kopieren über Windowsexplorer ins IFS und dort per HEX (F11) ansehen.
Ich vermute mal eher, dass die Quelle schon so ist und ggf. der alte FTP-Server das CR eingefügt hat.
Normalerweise sollte da ein Längenvergleich der Dateien bereits ausreichen um Veränderungen festzustellen.
Beim Import kann man als Satztrenner auch *ALL angeben, dann ist es egal, ob CRLF, LFCR, CR oder LF.