Das PHPExcel PlugIn hatte mir auch Probleme mit performance bereitet.
Ich habe dann einfach ein CSV erstellt, und dies dann via Excel geöffnet.
Der Performance unterschied ist gigantisch.

Gundsätzlich ist es jedoch so, falls du php direkt via QSH aufrufen solltest du einige Sekunden opferst um die PHP umgebung zu starten.
Ähnlich vie die JVM in Java.

Am besten ist es PHP über den internen Apache WebServer aufzurufen.
Dies geht am einfachsten mit den HTTP SQL Funktionen.
Für alles andere muss man sich zahlungspflichtige Podukte kaufen, wenn ich das noch richtig in Erinnerung habe.

lg Andreas