Zunächst einmal vielen Dank für die Hinweise!

@Fuerchau / @jlindner: Wir sind aktuell in der Testphase und können daher ausschließen, dass die kopierte Datei zu früh im Zielsystem eingelesen wird.

Gestützt wird diese Aussage auch dadurch, dass der Job - sobald er eine Datei nicht verarbeiten konnte - auch bei allen folgenden Dateien auf einen Fehler läuft. Es hilft dann nur noch ein Beenden und Neustart der Anwendung.

@emoser: Werde mir das mal ansehen und ggf. auch ein Ticket bei der IBM eröffnen.