Du hast da leider tatsächlich ein Problem, da die Quelldaten in LE (Little Endian) gespeichert wird und die AS/400 in Big Endian arbeitet (LE "0" = X'3000', BE "0" = X'0030').

Für SQL gibts nur den Translate.

Mangels Daten habe ich es noch nicht ausprobiert, aber versuche doch fogendes:

iconv -f UTF-16LE -t UTF-8 filename > Zieldatei

für nicht übersetzbare Zeichen gibts noch "-c".