Bevor man da mühsam wieder RPG mit Java bemüht ist es besser, dies native direkt in Java zu machen.
Du kannst das schön in Eclipse entwickeln und testen, schiebst das dann auf die AS/400 und lässt das per JAVA-Kommando ausführen.
Auch die Schnittstellen zur eigenen Datenbank sind dann komfortabel per JDBC und Toolbox verwendbar.
Ob das fertige Java-Archiv dann auf der AS/400 oder auf einem Windowsserver (Aufgabenplanung) oder sonstwo läuft ist dann vollkommen egal.