Zumal dann die Java-Jobs die meiste Zeit nur rumdümpeln.

Da helfen dann aber so alte Wege wie DTAQ's weiter.
Man schaffe sich einen zentralen Service, der auf einer DTAQ horcht und jede Anfrage mit entsprechenden Aufrufen und auf einer Antwort-DTAQ (Job-spezifisch) zurücksendet.
Da die Anfragen ja nicht von allen Dialogen gleichzeitig erfolgen, kann man das dann auch schön skalieren, da auf einer DTAQ beliebig viele Jobs horchen können.
D*B hat da auf seiner Seite bzgl. zentralisierter Java-Aufrufe eine fertige OpenSource-Lösung.
Ich denke dies kann man ebenso auch für andere Zwecke entfremden oder die Systools-SQL's führt man dann halt in Java aus.
"Application Server für RPG" http://www.bender-dv.de/index.html