Nein, das ist in meinen Augen kein Bug.
Wie tief soll die Verschachtelungsebene denn reichen?
State-of-the-Art ist:
Ein Typ (in diesem Fall Struct) hat entsprechende Felder. Wenn man diesen dann schachteln möchte dann macht es durchaus Sinn, den Typ als Prototyp/Template zu definieren und an entsprechender Stelle mittles likeds zu definieren.
Eine Typ erst innerhalb eines anderen Types zu definieren macht wirklich keinen Sinn und das Ganze äußerst unübersichtlich.

Was soll RDi denn sich bei deinem Konstrukt merken, da es das Feld "Input.Ind" ja so gar nicht gibt?
Das Feld heißt ja "DS.Input.Ind"!
Es ist halt ein Nachteil in RPGLE, dass solche Konstrukte überhaupt zulässig sind und das (tut mir leid) Spagetti-Denken fördern.
Objektorientierte Sprachen können das so nämlich überhaupt nicht.

"würde mich da eher an ein Forum halten, das die IBM auch liest.".
Ich denke, da wirst du eher weniger fündig. Du kannst aber ein Feature-Request an die RDi-Entwicker senden:
Intellisense für geschachtelte Strukturen bis 256 Ebenen.
Weil bei nur 3-4 Ebenen kommt dann bestimmt einer, der das für seine 17te Ebene auch braucht da er den Faden verloren hat.