In der QUSRSYS/QATMHINSTC gibt es zu jeder Apache Instanz ein Member in dem der Parameter für den Web Server Start hinterlegt ist.
Diesen und das Verzeichnis das darin angegeben ist musst du auf jeden Fall mal aufs neue System übertragen.
Bin mir jetzt nicht sicher ob es noch wo anders einträge gibt die notwendig sind.
Ansonsten erstelle halt auf dem neuen Server einfach eine Apache Instanz und überschreibe die Files.

lg Andreas