Normalerweise fügt FTP weder was hinzu noch nimmt es was weg.
Für das Erstellen einer Stream-Datei bietet sich inzwischen auch SQL an.
Mittels des SQLTYPE(CLOB_FILE) lassen sich bis zu 16-MB große IFS-Dateien direkt zwischen Variable und IFS lesen und schreiben. Dabei können auch CCSID-Konvertierungen (1252, UTF-8, ...) durchgeführt werden.
Wenn die Datei dann vom Typ ANSI/UTF8 ist, kann sie auch per FTP binär übertragen werden.

Du kannst also deine Daten in einem 16-MB varying Charfeld (oder bei *TERASPACE bis 2TB) aufbereiten und ins IFS stellen.