Debuggen kann man das nicht. Hier hilft u.U. nur ein Linetrace. Der wird aber nur unter Schwierigkeiten auswertbar sein.
Bzgl. der Prestart-Jobs könntest du recht haben.
Da je Verbindung ein Serverjob benötigt wird, müssen bzgl. Schwellwertüberwachung ggf. neue Jobs erstellt werden.
Je nach Serverbelastung kann das schon mal dauern.
Eine Beschränkung der Anzahl Jobs kann das Subsystem sein, in dem die Serverjobs laufen (QSYSWRK/QUSRWRK). Dort kann die Gesamtanzahl an Jobs für das Subsystem beschränkt sein, so dass sich erst Jobs beenden müssen bevor wieder einer frei wird.
Dies drückt sich auch in der Zufälligkeit der betroffenen Anmeldungen aus.

Die Frage ist, was du mit "ne Weile" so meinst. Üblich sind i.d.R. bei Engpässen nur Sekunden.

Prüfe mal die Einstellungen der PJE's, erhöhe ggf. die Anzahl Vorstartjobs und ebenso vielleicht die Anzahl Verwendungen.
Letzteres beendet den Job nach so und so viel Verbindungen um das System etwas zu bereinigen.