Es ist halt nur so, dass eben CHGFTPA nur das Attribut einer IFS-Datei setzt. Codewandlungen werden beim FTP im Bin-Modus nicht durchgeführt.
Der get ins IFS legt die Datei mit den Daten so an, wie sie vom PC geholt werden und setzt das CCSID-Attribut auf die CCSID, die in FTPA angegeben ist.
Wenn du also weißt, dass die Daten UTF8 sind, kannst du nach dem FTP einen CHGATR aufrufen.

XML-Datei müssen (eigentlich) in dem Format gespeichert sein, dessen Codierung im Header steht.
Mann kann also z.B. per CLOB_FILE im ILERPG die ersten 50 Stellen lesen, die Codierung prüfen und einen CHGATR entsprechend ausführen um die Datei dnn per XML-INTO (o.ä.) zu verarbeiten.