Da liegt aber dein Trigger eben im Argen.
Ohne Beispiel-Code kann man nur Raten:
"geänderte Sätze in der neuen Tabelle aktualisiert"
Dann prüfe mal, ob da nicht ein Index für den Update fehlt, was dann zu dieser extremen Laufzeit führt.

Hinweise kann man sehr schön bei eingeschaltetem DEBUG-Mode sehen.
Was i.Ü. auch sehr viel Zeit kostet sind typische NULL-Fehler.
Im SQL können alle Variablen auch NULL sein, was dann beim Update/Insert fehlschlagen kann.
Im ILERPG gibt es keine Variablen, die wahlweise NULL oder einen Wert haben. Dies wird mit NULL-Anzeigern gelöst (bei RLA via %nullind).