Man kann SQL-Code auch in einer Quellen-Datei (oder IFS-Datei) hinterlegen und dann via /INCLUDE als Copy-Strecke in den Source Code inkludieren.
... allerdings weiß ich nicht, ob das mit dem SET OPTION Statement funktioniert, da es sich hierbei ja um Compiler-Anweisungen handelt, die außerhalb des Routine Bodies angegeben werden.

... das ist aber wahrscheinlich nicht das was Du willst, nämlich vermeiden, dass die ganzen Quellen angefasst werden müssen.

SQL-Funktionen werden intern in C-Code mit embedded SQL konvertiert und dann mit dem C-Compiler erstellt. Man könnte also versuchen mit der Methode von camouflage den C-Compile-Command zu modifizieren.
Ich persönlich würde allerdings die Quellen bearbeiten.