Das Problem ist ganz klar, dass die RPGLE-Programme in der Default-Aktivierungsgruppe laufen.

In ILE-Programmen geöffnete Dateien bleiben solange geöffnet bis die Aktivierungsgruppe geschlossen wird. Bei der Default-Aktivierungsgruppe ist das eben erst beim Beenden des Jobs.
Wenn jetzt aber RCLRSC aufgerufen wird, werden alle in der Default-Aktivierungsgruppe geöffneten Dateien geschlossen. Bei nächsten Aufruf glaubt das RPGIV-Programm jedoch, dass die Dateien noch geöffnet sind und findet diese nicht. Da hilft auch keine Prüfung mit MONITOR oder %OPEN oder Erweiterung (E). Da bleibt nur den Job zu beenden nun neu zustarten.

Ich würde folgendes vorschlagen:
1. Commitment Control mit Commitment Scops *JOB starten (und bei Programme-Ende nicht schließen - warum auch?
2. Die RPGIV-Programme mit einer benannten Aktivierungsgruppe erstellen und dann auch prüfen, ob für das Programm auch tatsächlich diese Aktivierungsgruppe hinterlegt ist. Wenn aus den Programmen, die aus dem CLP aufgerufen wird weitere Programme aufgerufen werden, so können diese durchaus mit Aktivierungsgruppe *CALLER erstellt werden.
Besser wäre natürlich, wenn beim Erstellen explizit die Aktivierungsgruppe, in der die rufenden Programme laufen, anzugeben. Dadurch wird sichergestellt, dass keine ILE-Programme, die aus OPM aufgerufen werden in der *DFTACTGRP aufgerufen werden.
Dann sollte auch ein RCLRSC unproblematisch sein.
Wenn mit ILE gearbeitet wird und Aktivierungsgruppen geschlossen werden sollen, muss dies mit dem Befehl RCLACTGRP erfolgen.

... und dann noch einmal ausprobieren.