... warum fragst Du eigentlich, wenn Du alles besser weißt?
@JAVA_HOME: mit der Änderung von JAVA_HOME werden das lib/ext Verzeichnis und die SystemDefault properties woanders gesucht, womit dort hinterlegte Einträge und jar files nicht mehr gefunden werden.

@ext Mechanismus: im default werden jar files im Verzeichnis lib/ext im JAVA_HOME gesucht, was man in den SystemDefault properties oder beim Aufruf per Parameter (scheidet bei den RPG Krücken aus) ändern kann. Anwendungs jar files hier zu platzieren ist ein ernsthafter Kunstfehler, da hier noch vor dem CLASSPATH gesucht wird. (In den SYSLIBL oder gar in die QSYS gehören auch keine Applikationen)

@Classpath nach Anwendung: Classpath global auf Systemebene führt dazu, dass bestimmte Anwendungen nicht zusammen auf derselben Maschine ausgeführt werden können. Das ist die Abteilung RPG-Java Murks, von der Du ja nichts hören willst. Jeder ist seines Glückes Schmied!!!

D*B