Ich habe dich schon richtig verstanden. Ich habe ja geschrieben, dass ich auf meinem PC auch für 2 verschiedene User auf der IBM i die Keys habe.
Das hat nichts damit zu tun was für einen User du am PC hast.

Am PC hast du den Private und Public Key für User 1 und das gleiche für User 2.
Vielleicht stimmen die Rechte & Owner für die Keys vom User 1 aber nicht für User 2.

Auf der IBM i musst du das gleiche mit den Home Verzeichnissen des jeweiligen Users prüfen.
Du hast zu beginn geschrieben, dass der Key-Austausch funktioniert.
Ich bin daher davon ausgegangen, dass du eine Key-Authentication verwendest.
Wenn allerdings die Datei "authorized_key" nicht da ist, frag ich mich wie du mit User 1 überhaupt eine Verbindung bekommen konntest. Oder verwendest du User/Passwort dafür?

Wie hast du die Keys erstellt und wo diese hinterlegt (Client & Server)?