"Irgendwo muss etwas nicht sauber geschlossen werden, finde es aber aktuell nicht"
Da gibts leider keinen Workaround.
Was macht das Script ansosnten noch?
Ggf. kannst du das "partitionieren", also u.U. in Häppchen zu max. 100 Dateien?

Ggf. kannst du auch einen Zwangsclose machen:
https://www.ibm.com/docs/en/i/7.5.0?topic=commands-exec