Hatte bei uns beim installieren damals keine Probleme, und hab ne installation gemacht wie bei Windows 98 auch. Wichtig vor der Installation ist allerdings das alle Benutzer die mit CA arbeiten sollen auch schon auf den Rechner angelegt sind. Sonst funktioniert das unter dem jeweiligen Benutzerprofil nicht (kriegt dann immer ne fehlermeldung das die AS/400 net gefunden wird), und es hilft nur ne deinstallation von CA + SP und dann wieder installieren.

einen tipp hätt ich vielleicht doch noch:
schau dir mal die "hosts" datei von w2k an, wenn die as/400 da drinsteht (mit namen + ip) nimm sie mal komplett raus boote neu und versuch nochmal ne verbindung herzustellen.