Die vollständige Qualifizierung einer Tabelle auf der AS/400 ist "DBName.Collection.Table". wobei der Compiler anscheinend den DB-Namen automatisch ergänzt.
Versuch mal ob es den Parameter "Default-Collection" bei der Compilierung gibt.

Anscheinend unterstützt DB2 nicht mehrere Collections, so dass eine Qualifizierung nicht nötig ist.

Ansonsten prüfe mal, ob bei der DB2 der Collection-Name angebbar ist, dann halte diesen gleich mit einem Bibliotheksnamen und gib diesen qualifiziert an.

Ansonsten halte halt 2 verschiedene SQL-Befehle je nach Verbindungsart vor (ggf. als Copmpile-Directive #ifdef .. #else .. #endif