Das Problem hat sich inzwischen erledigt.
Sollte es jemanden interessieren, eine fertig kompilierte Version von PHP für die iSeries kann man unter:

http://www.mcind.com/php/

downloaden. Ausserdem gibt es unter:

news.software.ibm.com

eine recht gute Newsgroup zum Thema PASE wo unter anderem auch PHP behandelt wird.