Mit Query geht das nun leider nur sehr aufwändig. Am besten mit SQL (kann auch als QM-Query mit Ausgabedatei erfolgen):

Code:
with
  xKunden as
    (select KDNR from FileA
      where mycondition
     union 
     select KDNR from FileB
       where mycondition
    )

select distinct KDNR from xKunden