Finde ich bisher schon seltsam.
Ggf. gib es ein Problem mit dem Repository !
Füre einen "RCLSTG SELECT(*DBXREF)" durch (im eingeschränkten Zustand).

Das Problem scheint hierbei zu sein, dass die Dateiänderung irgendwie nicht im Repository eingetragen werden kann.
Hierzu muss man wissen, dass jede Datei und jedes Feld in den QADB-Dateien geführt wird. Diese werden journalisiert !!! Daher hast du auch eine anstehende Änderung.

Das DB-Problem beim Update auf V5R2 tauchte hier schon einmal irgendwo auf.

Bist du sicher, dass du die Datei auch exclusiv im Zugriff hast ?
Bei CHGPF mit DDS-Source wird das sowieso verlangt. Beim ALTER TABLE bin ich mir da nicht so sicher.