Comet-Datenbank ist wohl eher kein Fall für JDBC (ich war früher noch zu 8870/U-Zeiten ja Comet-Spezialist).
Wenn es Export-Funktionen gibt, diese nach Möglichkeit in CSV-Format als Text-Datei ausgeben.
Diese dann in eine Access-Datenbank laden und per verknüpfter Tabelle in die AS/400 uploaden.
Von dort dann ggf. mittels Programm/SQL in die neue Datenbank kopieren (anstelle von SQL kann auch mein Tool SQLCPY gut verwendet werden).