Es hängt nicht unbedingt von der Stelle ab, wo die Daten beginnen.
Sind die Felder z.B. mit Semikolon getrennt ?
Wenn ja, die Datei über Excel mal öffnen und die Analysefunktion verwenden.
Wenn nein, kann das Tool sog. CSV-Format ausgeben ?
Dann kann Excel die Daten auch vernünftig trennen !
Mittels Upload/400 können die Daten dann problemlos hochgeladen werden.

Bei mehr als 65.000 Sätzen kann das auch über Access geschehen, Access kann auch CSV importieren. Über "Tabelle exportieren" kann diese dann per ODBC auf die AS/400 in neue Dateien geschoben werden.
Dort kann dann mittels SQL, SQL-Programm bzw. meinem Tool SQLCPY die Daten in die Zieldatei übernommen werden.