Wenn du nur einen Copy benötigst, ist der beste Weg (bzw. einfachste) MS-Access:

Per ODBC verknüpfst du alle Tabellen der AS/400, die du benötigst in Access.
Zusätzlich erstellst du eine ODBC-Verbindung zur DB/2 auf dem PC.

In Access kannst du nun jede einzelne verknüpfte Tabelle über "Daten exportieren" in die ODBC-Quelle der DB/2 kopieren. Dabei wird die Zieltabelle ggf. neu erstellt.