Du must wohl dann doch auf die Nachricht "native" zugreifen um den Job eben kurzfristig umzustellen, nämlich nur für den Zugriff auf die Nachricht.
Inwieweit sich allerdings Java die aktuelle Umgebung beim Start "merkt" und ggf. auf die Umstellung des Jobs gar nicht reagiert, bleibt auszuprobieren.

Die andere Alternative ist halt:
Die Nachrichten in eine Datei mit CCSID 13488 (Unicode) auszulagern und dann por SQL auslesen (die Toolbox entfällt dann nämlich).