Da die Datei anscheinend journalisiert wird, bist du sicher, dass das 1. Programm auch einen Commit absetzt ?
Solange die gelöschten Sätze noch nicht committed sind, sind sie von anderen Programmen noch lesbar, insbesonders wenn diese ohne Commit arbeiten (sog. schmutziges Lesen, dirty read).
Bevor du das 2. Programm startest, schau mal per DSPJOB nach offenen Commits.

SQL arbeitet automatisch mit Commit, wenn dies möglich ist und liest keine schmutzigen Sätze, im RPG muss explizit angegeben werden, dass die Datei unter Commit steht um schmutzige Sätze zu überlesen.