Ich glaube, da musst du einen Request bei IBM aufmachen.
Das Problem hier ist, dass der Job des Infoprint Server mit der System-CCSID (warscheinlich 273) läuft, was für Latin-1 ja auch korrekt ist.
Bei den Spool-API's werden die Daten dann so gelesen, wie sie sind (Spools unterliegen nicht der Konvertierung, siehe auch CPYSPLF geht nur in eine PF mit 65535), so dass die Daten intern als Latin1 gehandelt werden.
Latin2 kann daher nicht als PDF rauskommen.

Beim Drucker geht das ja auch deswegen problemlos, da für die CHRID eine entsprechende Codepageumschaltung an den Drucker gesendet wird (WSCST), so dass die Latin2-Daten korrekt grafisch dargestellt werden.

Der Request zu IBM müsste fordern, dass die Spools intern am besten in Unicode behandelt werden (vielleicht in V6?).

Ansonsten muss dann wohl doch eher Fremdsoftware (Java?) eingesetzt werden.