Wenn das Programm auf der AS/400 läuft, ist ja nicht gesagt, dass die IFS-Datei automatisch die korrekte CCSID erhält.
Über WRKLNK kann man sich die Attribute der Datei (CCSID) sowie den Inhalt auch HEX anzeigen.
Die Frage ist hier, in welchem Hex-Code die Zeichen denn in die IFS-Datei geschrieben werden. Probier das doch einfach mal mit einer konstanten Zeichenfolge aus, die alle Zeichen enthält "?ABCD!". Damit bist du sicher, was genau passiert. Vielleicht wird ja auch das "?" von der Java-Funktion als Steuerzeichen interpretiert ?