Wenn man mit Parameter-Markern und Prepared-Statements umgeht, dürfte das nicht passieren, da immer das selbe Statement verwendet wird (auch Perfomancesteigernd).
Die 2. Möglichkeit ist, dass ein Batch-Modus gewählt wurde und nur 9999 Inserts gecached werden können, irgendwann muss dann auch mal ein BatchUpdate durchgeführt werden, der die Inserts dann auch wirksam macht.