Ich kenne mich jetzt überhaupt nicht mit .NET aus. Aber wenn Du von Deinem System aus eine ODBC-Verbindung zur iSeries erstellen kannst, dann kannst Du ohne Probleme per SQL-CALL eine Stored Procedure auf der iSeries aufrufen. Dazu kannst Du ein ganz normales RPG-Programm nehmen und dieses als Stored Procedure registrieren. Das RPG-Programm kann Ein- bzw. Ausgabeparameter haben oder auch einen ResultSet zurückliefern.
Ich habe so etwas gerade von PHP-Seite aus realisiert.

Gruß,
KM