Wenn du JDBC, also SQL verwendest, sollte dir die CCSID vollkommen egal sein. Hauptsache, alle beteiligten Dateien haben überhaupt eine (also <> 65535).
Beim Lesen von Zeichendaten wird in UNICODE konvertiert und beim Schreiben in die ZielCCSID. Einen programmtechnischen Eingriff sollte man nicht vornehemn.

Läuft dein Java auf der AS/400, sollte dein Job eine CCSID <> 65535 haben, da sonst überhaupt nicht konvertiert wird.