Da du di Emu selbst geschrieben hast, musst du für die Codewandlung EBCDIC->ASCII eine entsprechende Tabelle verwenden.
Die AS/400 schickt ja keine tschechischen Zeichen sondern nur Hexcodes, von denen du annehmen musst, dass sie tschechisch sind.
Bei der CA-Emulation stellt man dann halt Hosttable 870 ein.
Da tschechisch und deutsch auf gleichen Hexcodes unterschiedliche Zeichen sind liegt das Problem also bei deiner Emu und nicht bei der AS/400.