Soweit ich mich erinnere wird ja nicht die JAR-Datei aufgerufen sondern eine Klasse. Gefunden wird diese dann über den CLASSPATH. Liegt nun das alte Archiv namentlich vor dem neuen, wird eben zuerst die alte Klasse gefunden.
Zum Umbenennen entweder Namen verwenden, die garantiert hinten liegen (z***) oder in ein anderes Verzeichnis legen.