Nach 1,5 Jahren Ratlosigkeit hat mein Kollege durch Zufall die Ursache des Problems entdeckt:

Wird eine Source per Drag & Drop in den LPEX-Editor gezogen, wird diese nach dem Schließen nicht mehr ohne Verbindungstrennung freigegeben. Bei Öffnen der Source mit Doppelklick ist die Source sofort nach dem Schließen wieder frei. Sieht nach einem WDSC-Bug aus.