Das ist der Fluch von Overlay.
Dabei wird nur das ausgegeben, was angegeben ist, der Rest bleibt immer bestehen.
Mach einfach ein leeres Satzformat ohne Overlay, dass den Bildschirm halt löscht und den Rest dann mit Overlay.

Da ich nicht mit MSGSFL arbeite, kann ich das Problem nicht nachvollziehen.

Übrigens:
Niemand sagt, dass das SFLCTL über der SFL stehen muss, es geht auch umgekehrt:
Also ein Kopfformat ohne Overlay und das Fußformat als SFLCTL mit Overlay.
Allerdings funktioniert dies nur, wenn im Kopf keine Eingabefelder vorhanden sind.

Wie das mit mehreren aktiven Eingabeformaten funktioniert, ist eine ander Geschichte.